Lembar Kerja Peserta Didik (LKPD) STEM berbasis Problem Based Learning (PBL) yang terintegrasi dengan Scientific Argumentation dan Literasi Digital ini dikembangkan untuk meningkatkan kemampuan berpikir kritis, argumentasi ilmiah, serta kecakapan penggunaan informasi digital peserta didik pada materi mutasi virus. Pembelajaran dirancang melalui pemecahan masalah autentik terkait perubahan materi genetik virus dan implikasinya terhadap penyebaran penyakit, resistensi, dan adaptasi virus. Integrasi STEM diwujudkan melalui eksplorasi konsep sains tentang mekanisme mutasi, pemanfaatan teknologi simulasi dan sumber digital, perancangan solusi mitigasi berbasis engineering, serta analisis data mutasi menggunakan pendekatan matematika. Scientific Argumentation diterapkan melalui aktivitas penyusunan klaim, penyajian bukti, dan penarikan justifikasi ilmiah terhadap fenomena mutasi virus. Sementara itu, literasi digital dikembangkan melalui kegiatan pencarian, evaluasi, dan interpretasi informasi daring secara kritis. Hasil uji coba terbatas menunjukkan bahwa LKPD ini efektif meningkatkan keterlibatan belajar, kemampuan argumentasi ilmiah, dan ketepatan peserta didik dalam mengelola informasi digital. Dengan demikian, LKPD STEM–PBL terintegrasi Scientific Argumentation dan Literasi Digital pada materi mutasi virus ini layak digunakan sebagai perangkat pembelajaran inovatif untuk memperkuat literasi sains dan kompetensi abad ke-21.